遂に始まった、セカンドシーズン。
ガンダムは放送途中でガンダム自身の機体がチューンナップ、バージョンアップするのが常。今回はその途中に半年間の空白を設定した。まぁ、それでもこの半年はマクロスＦで充分穴埋めできたのだが…。
そのセカンドシーズンは４年後の世界。
戦闘の中、刹那と沙慈の再会から始まる。
ユニオン、人類革新連盟、AEU ３国の共通の敵として存在することで世界を１つにまとめたソレスタルビーイング。せっかくまとまった連邦を見守っていた旧SBメンバーたち。しかし、連邦とは異なるアロウズなる団体が設立され世界を支配しようとしていた。半年前はタイトルと同じ名前の機体が出てこなかったが、今回は初回放送ラストにその機体が現れる。太陽炉を２機搭載したガンダム００！
刹那・Ｆ・セイエイ
少し、逞しくなっているように見える。
ティエリア・アーデ
まったく変わらない。擬体なのかも？髪と目の色が少佐と同じだし。
ロックオン･ストラトス
生きていた！？記憶を喪失しているかも。。。
アレルヤ・ハプティズム
誰なんだ！？と思っていたが、左右の異なる瞳の色が…。
